Jmolは化学や生化学分野の教育研究に用いられる[2]、3次元コンピュータグラフィックスの分子シミュレーションソフトウェアである[3]。Javaで組まれておりMicrosoft Windows、macOS、Linux、 UNIXで動作し、GNU Lesser General Public License Ver2.0で公開されたFLOSSである。 スタンドアロン版及びソフトウェア開発キット は、BioclipseやTavernaなど他のJavaアプリケーションと統合できる。
人気の機能として、球棒モデル、空間充填モデル、リボンダイヤグラムなど様々に分子をウェブページに表示できる上[4]、Protein Data Bank (pdb)、Crystallographic Information File (cif)、MDL Molfile (mol)、Chemical Markup Language (CML)など多様な化学ファイルフォーマットに対応している[5]。Java不要でJavaScriptで動作するHTML5版のJSmol[6]も利用できる。
脚注
- ^ Jmol translations
- ^ Herráez, A (2006), “Biomolecules in the Computer: Jmol to the Rescue”, Biochemistry and Molecular Biology Education 34 (4): 7, doi:10.1002/bmb.2006.494034042644, http://eric.ed.gov/ERICWebPortal/recordDetail?accno=EJ759053
- ^ Chen, Jim X. (2008), Springer, ed., Guide to Graphics Software Tools, p. 471, ISBN 978-1-84800-900-4, https://books.google.com/books?id=Rv2gncprg3gC&pg=PA471&dq=jmol+is+3d#v=onepage&q=jmol%20is%203d&f=false
- ^ Herráez, A (2007), Lulu, ed., How to Use Jmol to Study and Present Molecular Structures, Volume 1, p. 21, ISBN 978-1-84799-259-8, https://books.google.com/books?id=59kQFyfbsJMC&pg=PA21&dq=jmol+applet+web#v=onepage&q=jmol%20applet%20web&f=false
- ^ Willighagen, E (2001), “Processing CML conventions in Java”, Internet Journal of Chemistry 4 (4): 1–9, http://www.mendeley.com/download/public/2225521/3634250982/f7c33288f4a8512172f0810947f082c55fbe72d3/dl.pdf [リンク切れ]
- ^ “JSmol”. 2015年11月2日閲覧。
外部リンク
|
|---|
| ケモインフォマティクス | | オープンソース | - Avalon Cheminformatics Toolkit
- Bioclipse
- Blue Obelisk
- Chemistry Development Kit
- ECCE
- JOELib
- OELib
- Open Babel
- RDKit
|
|---|
| プロプリエタリ | - Canvas
- Chemicalize
- Discovery Studio
|
|---|
|
|---|
| 化学反応速度論 | | オープンソース | |
|---|
| プロプリエタリ | - Autochem
- Chemical WorkBench
- CHEMKIN
- COSILAB
- DelPhi
- Khimera
|
|---|
|
|---|
| 分子モデリングおよび可視化 | |
|---|
| 分子ドッキング | |
|---|
| 分子動力学 | |
|---|
| 量子化学 | | オープンソース | - ABINIT
- ACES（英語版） (CFOUR)
- AIMAll（英語版）
- BigDFT（英語版）
- CONQUEST（英語版）
- CP2K
- DACAPO
- Dalton（英語版）
- Dirac（英語版）
- DP code（英語版）
- FreeON（英語版）
- HORTON（英語版）
- MADNESS（英語版）
- MPQC（英語版）
- NWChem（英語版）
- Octopus
- PSI
- PyQuante（英語版）
- PySCF（英語版）
- Quantum ESPRESSO (PWscf)
- RMG
- SAMSON
- SIESTA（英語版）
- VB2000
- YAMBO code（英語版）
|
|---|
| Proprietary | |
|---|
|
|---|
| 構造式エディタ | | オープンソース | - BKChem
- JChemPaint
- JME Molecule Editor
- Molsketch
- XDrawChem
|
|---|
| プロプリエタリ | |
|---|
|
|---|
| その他 | - Aqion
- Eulim
- EXC code
- GenX
- GSim
- ICM (ICM-Browser)
- Materials Studio
- Molden
- OpenChrom
- RubyChem
- SASHIMI
|
|---|
